Ninja Kaplumbağalar 1 ve 2 filmleri arasındaki farklılıklar birkaç noktada öne çıkmaktadır: 1. Karakter Gelişimi: İlk filmde Kaplumbağalar, daha çok genç yaşlardan itibaren dövüş sanatları eğitimi almış, disiplinli ve dengeli karakterler olarak tasvir edilmiştir. 2. Hikaye ve Düşmanlar: İlk filmde Kaplumbağalar, Shredder ve Foot Clan ile olan mücadelelerine odaklanmıştır. 3. Görsel ve Teknik Değişiklikler: Filmlerin yapım teknikleri ve görsel efektleri de farklılık göstermektedir.