Matrix Reloaded ve Matrix Revolutions, "Matrix" evreninin devamı olması ve aynı hikayeye bağlı olması nedeniyle bağlantılıdır. İlk film, Neo'nun kimliğini keşfetmesi ve makinelere karşı savaşarak dünyayı kurtarmanın amacını bulması üzerine kuruludur. Ayrıca, her iki film de Zion'un makinelere karşı mücadelesi ve Smith adlı kötücül ajanın yayılması gibi ortak temaları işler.