"Koukaku Kidoutai" (Ghost in the Shell) teknolojinin insanlıkla iç içe geçtiği bir gelecekte geçen bir hikayeyi anlatır. Konu: 2029 yılında, Niihama şehrinde, vatandaşlar robotik parçalarla uzuvlarını değiştirebilmektedir. Bölüm 9'un lideri Binbaşı Motoko Kusanagi, kurbanlarının anılarını ve kimliklerini çalan "Puppet Master" adlı gizemli bir hacker'ın peşine düşer.