Ferhat Paşa, 4 Safer 1004 (9 Haziran 1595) tarihinde boğdurularak idam edilmiştir. İdam süreci şu şekilde gelişmiştir: Ferhad Paşa, ikinci vezir iken 1595 yılında Koca Sinan Paşa'nın entrikaları neticesinde sadaretten azledilmiştir. Azlinden üç ay sonra, mührü teslim almak ve idam kararını uygulamak üzere gelen kapıcılar kethüdasının gelişinden iki gün önce, Ferhad Paşa mühr-i hümâyunu Satırcı Mehmed Paşa’ya teslim ederek süratle İstanbul’a gidip Metris’teki çiftliğinde saklanmıştır. Sinan Paşa, çeşitli entrikalarla idamı gerçekleştirmek için Bostanzâde Mehmed Efendi’den aldığı bir fetva ile ferman çıkartmıştır. Ferhad Paşa, çiftliğinden alınıp Yedikule’ye hapsedilmiştir. Azlinden beş ay sonra, 9 Haziran 1595'te boğdurulmuştur. Bazı kaynaklarda, Ferhad Paşa'nın idam sırasında küfür ettiği ve kavga çıkardığı, bu yüzden zorla sürüklenerek dışarı çıkarıldığı ve sonrasında boğulduğu belirtilmektedir.