Batman Beyond hikayesi, Gotham City'de 2039 yılında geçen bir gelecekte geçer 13.

Dizinin konusu: Atletik ve reform yapmış bir genç olan Terry McGinnis, babasının Wayne-Powers Enterprises'ta yasadışı bir silah projesini keşfetmesinin ardından öldürülmesinin ardından Batman olur 13. Terry, bu yeni kimliğiyle şehrin yeni Batman'i olarak suçla mücadele ederken, ona rehberlik eden ve mentorluk yapan eski Batman Bruce Wayne ile birlikte çalışır 13.

Hikaye ayrıca, Terry'nin Dana Tan ile olan ilişkisi ve Max Gibson gibi diğer karakterlerle olan etkileşimleri etrafında da döner 13.