Batman Beyond hikayesi, Gotham City'de 2039 yılında geçen bir gelecekte geçer. Dizinin konusu: Atletik ve reform yapmış bir genç olan Terry McGinnis, babasının Wayne-Powers Enterprises'ta yasadışı bir silah projesini keşfetmesinin ardından öldürülmesinin ardından Batman olur. Hikaye ayrıca, Terry'nin Dana Tan ile olan ilişkisi ve Max Gibson gibi diğer karakterlerle olan etkileşimleri etrafında da döner.