İstanbul Tersanesi iki farklı kuruma ait olabilir: 1. SNR Holding A.Ş.: Bu holdinge ait olan İstanbul Shipyard, modernize edilmiş altyapısı ve uluslararası standartlardaki projeleriyle öne çıkan bir tersanedir. 2. Millî Savunma Bakanlığı (MSB): MSB'ye bağlı olan İstanbul Tersanesi Komutanlığı, askeri gemi inşa, bakım ve onarım hizmetleri sunmaktadır.