Müstahsil makbuzları, muhasebeleştirilirken aşağıdaki adımlar izlenir: 1. Kayıt Olma: İlk olarak, E-Müstahsil Makbuzu sistemine kayıt olunur. 2. Bilgilerin Girilmesi: Makbuzu düzenleyecek kişi, satışa ilişkin tüm gerekli bilgileri sisteme girer. 3. Onaylama ve İmzalama: Gerekli bilgiler girildikten sonra, makbuz elektronik olarak onaylanır ve imzalanır. 4. Makbuzun İletilmesi: E-Müstahsil Makbuzu, alıcıya elektronik olarak iletilir. 5. Arşivleme: Hem alıcı hem de satıcı için elektronik ortamda bir kopyası saklanır. Muhasebe kaydında, müstahsil makbuzunda belirtilen tutar, satıcıdan yapılan mal alımına ilişkin gider hesabına borç, alıcı açısından da ödeme yapılan nakit veya banka hesabına alacak kaydedilir.