Mehmet Ekşi, Beşiktaş Futbol Akademisi Gençlik Gelişim Teknik Sorumlusu olarak görev yapmaktadır. Daha önce, Beşiktaş'ın teknik ekibinde yer almış ve 2005-2006 sezonunda Rıza Çalımbay'ın istifası sonrası geçici olarak teknik direktörlük görevini üstlenmiştir. Mehmet Ekşi, futbolculuk kariyerinde ise Elazığspor, Trabzonspor, Beşiktaş, Karagümrük ve Antalyaspor gibi takımlarda oynamıştır.