KOBİ'lerin dezavantajları şunlardır: 1. Finansal Sınırlılıklar: KOBİ'ler, düşük sermaye ve borç oranına sahip oldukları için büyük işletmelere göre daha zayıf bir yapıya sahiptir. 2. Uzman Personel Eksikliği: Genellikle işletme sahipleri, bilgi ve tecrübeleri doğrultusunda hareket ettikleri için uzman personel istihdamı sınırlıdır. 3. Devlet İhalelerinde Dezavantaj: KOBİ'ler, devlet ihalelerinde büyük işletmelere göre daha az tercih edilirler. 4. Pazarlık Gücü Zayıflığı: Tedarik ve pazarlamada pazarlık güçleri sınırlıdır. 5. İhracat Zorlukları: Yurt dışına ihracat yaparken, gerekli teşvik ve programlardan yeterince yararlanamazlar. 6. Bürokrasi ve Mevzuat: KOBİ'lerin kurulması ve işletilmesi sürecinde fazla bürokrasi ve karmaşık mevzuatla karşılaşırlar.