Et ve Süt Kurumu'nun zarar etmesinin birkaç nedeni vardır: 1. Yanlış Planlama ve Yönetim: Kurumun yaptığı yatırımlarda ve uygulamalarda sağlanan faydanın istenen boyutta gelişmemesi, yanlış planlama ve temel analizlerin yapılmaması zararlara yol açmıştır. 2. Hammadde Temini: Üretim girdisi olan canlı hayvan ve taze süt temin edilememesi, mevcut kapasitenin kullanılamamasına ve çalışılmayan kısım giderlerine katlanmaya neden olmuştur. 3. İthalat Bağımlılığı: Türkiye'nin dışarıdan canlı hayvan ve et ithal etmesi, kurumun piyasa ile rekabet edememesine ve ithalat maliyetlerinin artmasına yol açmıştır. 4. Mali Denetim Eksiklikleri: Sayıştay raporlarına göre, kurumun borçlanması ve özkaynaklarının yetersiz olması da zararların artmasına katkıda bulunmuştur.