Fatura iptali süresi, faturanın türüne ve iptal işleminin yapıldığı tarihe bağlı olarak değişir: Temel fatura senaryosunda, fatura iptali, faturanın alıcıya ulaşmasından itibaren 8 gün içinde yapılmalıdır. Ticari fatura senaryosunda, alıcı, faturayı KEP veya noter aracılığıyla reddederse, fatura sistem üzerinde silinmese bile iptal işlemi başlatılır. e-Arşiv fatura iptalinde, alıcı 7 gün içinde talebe cevap vermezse, sistem otomatik olarak iptali onaylar. Fatura iptali için Gelir İdaresi Başkanlığı'nın e-arşiv portalı veya çeşitli entegrasyon programları kullanılabilir.