Enneagramın kökeni hakkında farklı görüşler bulunmaktadır. M.Ö. 2500'lü yıllar: Geleneksel Enneagram, insanların kişilik tiplerini inceleyen ve kökleri M.Ö. 2500’lü yıllara kadar uzanan mistik bir öğretidir. Sufi geleneği: Bazı yazarlar, Enneagram'ın Sufi geleneğinde derin kökleri olduğunu ileri sürmektedir. Erken dönem ezoterik Hıristiyanlık: Enneagram'ın erken dönem ezoterik Hıristiyanlıkla (Evagrius ve diğer çöl babaları) bağlantıları olduğu belirtilmektedir. Pisagor ve Platon: Enneagram'ın temelinde Pisagor, Platon veya daha öncesinde yapılan matematik keşiflerinin olduğu ve 14. ve 15. yüzyılda Yunan ve Arap öğretileriyle beraber Müslümanlar tarafından Batıya taşındığı ifade edilmektedir. Modern Enneagram çerçevesi ise, 20. yüzyılın ortalarında Güney Amerikalı filozof Oscar Ichazo ve Şilili psikiyatrist Claudio Naranjo'nun çalışmalarıyla bir kişilik tipi modeline dönüşmüştür.