Üniversite hastanelerinde başhekim ve başmüdür aynı kişi değildir. Başhekim, hastanenin tıbbi tedavi ve bakım hizmetleri ile araştırma ve eğitim faaliyetlerini düzenleyen en üst yöneticisidir. Başmüdür ise hastanenin idari, mali ve teknik konularında planlama, örgütlenme, koordinasyon ve denetim gibi temel yönetim işlevlerinde yetkilidir ve başhekime karşı sorumludur.