Klorofil yapısı, merkezinde magnezyum (Mg) atomu bulunan, porfirin adı verilen bir halkadan oluşur. Bu halkanın dört nitrojen atomu tarafından tutulan Mg atomu, güneş ışığını emme kapasitesine sahiptir. Klorofil molekülleri iki ana tipe ayrılır: klorofil a ve klorofil b.