YÖKSİS ve YÖKATLAS farklı sistemlerdir.
YÖKSİS, Yükseköğretim Bilgi Sistemi olup, üniversite öğrencilerinin ve mezunlarının bilgilerinin saklandığı bir bilgi sistemidir .
YÖKATLAS ise, Yükseköğretim Kurumları Sınavı (YKS) adaylarına üniversite ve meslek tercihlerini yaparken daha bilinçli kararlar verebilmeleri için YÖK tarafından geliştirilmiş bir sistemdir .