Vakıf üniversitelerinin dezavantajları şunlardır: 1. Yüksek Öğrenim Ücretleri: Vakıf üniversitelerinde eğitim ücretlidir ve bu ücretler genellikle devlet üniversitelerine göre daha yüksektir. 2. Yeterli Kalite Kontrol Mekanizmalarının Olmaması: Bazı vakıf üniversitelerinde kalite kontrol mekanizmalarının yetersiz olması, eğitim kalitesinin düşmesine neden olabilir. 3. Burs İmkanlarının Azlığı: Vakıf üniversiteleri, devlet üniversitelerine göre daha az burs fırsatı sunar. 4. Rekabetin Yüksek Olması: Vakıf üniversitelerine giriş, devlet üniversitelerine göre daha zordur ve öğrencilerin üniversite sınavında daha iyi performans göstermeleri gerekir. 5. Düşüncelerin Kısıtlanması: Bazı vakıf üniversitelerinde öğrencilerin kabul edilmeyen düşünceleri ifade etmelerine izin verilmemesi, özgürlüklerin kısıtlanmasına yol açabilir.