Vakıf üniversitelerinin bazı dezavantajları şunlardır: Yüksek öğrenim ücretleri. Bursların kesilebilmesi. Kalite kontrol mekanizmalarının yetersizliği. Akademik kadro yetersizliği. Öğrenci geri bildirimlerinin değerlendirilmemesi. Yetersiz müfredat gelişimi.