Medrese ve mektep arasındaki bazı farklar şunlardır: Eğitim Seviyesi: Medrese, orta ve yüksek okul anlamına gelirken, mektep ilkokul ve ortaokul seviyesinde eğitim verir. Eğitim İçeriği: Medresede İslami esaslara uygun eğitimler ön plandayken, mektep daha çok ilmi bilgilerin ön planda olduğu bir kurumdur. Eğitim Yöntemi: Medresede eğitim, akademik seviyede yüksek bir eğitim olup, öğrenci kabulünden eğitimin tamamlanmasına kadar büyük bir esneklik sunar. İhtisaslaşma: Medreseler, genel eğitim veren kurumların yanı sıra, doğrudan belirli bir ilim dalında uzmanlaşmayı hedefleyen ihtisas medreseleri de içerir. Mekteplerde ise böyle bir ihtisaslaşma genellikle bulunmaz.