Topraksız tarımda özel formülasyonlardan oluşan gübreler kullanılır. Topraksız tarımda kullanılan bazı gübre çeşitleri: Makro besinler: Azot (N), fosfor (P), potasyum (K), kalsiyum (Ca), magnezyum (Mg). Mikro besinler: Demir (Fe), çinko (Zn), bor (B), molibden, bakır. Özel gübreler: Bitki türüne özel hazırlanan besin çözeltileri, hassas dozajlama için sıvı veya granül formda gübreler. Ayrıca, organik yöntemlerle üretilen sıvı solucan gübresi de topraksız tarımda tercih edilen gübreler arasındadır.