Tıbbi sekreterlerin yapamayacağı işler, görev tanımları dışında kalan ve genellikle idari ve teknik işler olarak belirtilir. Bu işler arasında: Taşınır Kayıt Kontrol Yetkilisi (TKKY) olarak görev yapmak. Satın alma, ayniyat, sicil, depo gibi idari işlerde çalışmak. Ayrıca, tıbbi sekreterlerin görev tanımları dışında en çok karşılaştıkları sorunlar arasında, yoğunluk ve personel eksikliği nedeniyle çeşitli işleri yapmak zorunda kalmaları da yer alır. Tıbbi sekreterlerin görev ve yetki sınırları, çalıştıkları kuruma ve pozisyona göre değişiklik gösterebilir.