Sitoplazma, büyük oranda su içerdiği için açık renkli, yarı akışkan ve saydam bir yapıya sahiptir. İçeriğinde enzimler, RNA, organik bileşiklerin yapı taşları, yıkım tepkimeleri sonucu oluşan atık ürünler, koenzimler, iyonlar ve mineraller bulunur. Submikroskobik morfolojisi, 1945 yılında Porter tarafından elektron mikroskobu ile yapılan çalışmalarla aydınlatılmıştır.