Molekül ve moleküler yapı arasındaki fark şu şekilde açıklanabilir: Molekül, iki veya daha fazla atomun kimyasal bağlarla bir araya gelerek oluşturduğu en küçük kimyasal birimdir. Moleküler yapı ise bir moleküldeki atomların birbirine nasıl bağlandığını, uzaydaki dizilimini (geometrisini) ifade eder. Özetle: - Molekül: Ne var? - Moleküler yapı: Nasıl duruyor? Örnek: - Su molekülü (H₂O): Molekül, 2 hidrojen ve 1 oksijen atomundan oluşur. Moleküler yapı, bu atomların nasıl bağlandığını ve molekülün bükülmüş (V şekli) olduğunu belirtir.