Pompey ve Sezar arasındaki savaşın temel nedeni, iktidar mücadelesiydi. Sezar ve Pompey arasındaki ittifak, Sezar’ın Galya’daki zaferlerinin ardından Pompey’in, Sezar’ın artan serveti, ihtirası ve nüfuzunu Cumhuriyet’e ve kendi otoritesine bir tehdit olarak görmesiyle bozuldu. Sezar, MÖ 49’da Senato’nun otoritesini hiçe sayarak bir lejyon askerle Rubicon Nehri’ni geçip İtalya’ya girerek iç savaşı başlattı. Sezar ve Pompey arasındaki diğer bazı çatışma noktaları ise şu şekilde sıralanabilir: Sezar'ın, kardeşi Julia ile evli olan Pompey'in karısının ölümüyle ilgili tutumu; Sezar'ın, herhangi bir valilik alamaması; Sezar'ın, ikinci kez konsül seçilme talebinin reddedilmesi.