Protista ve prokaryot arasındaki temel farklar şunlardır: 1. Çekirdek: Protistalarda tanımlanmış bir çekirdek bulunurken, prokaryotlarda çekirdek yoktur. 2. Organeller: Protistler, mitokondri, kloroplastlar ve endoplazmik retikulum gibi zara bağlı organellere sahiptir, prokaryotlarda ise bu organeller bulunmaz. 3. Boyut: Prokaryotlar genellikle daha küçük boyuttadır (1-10 mikrometre), protistler ise daha büyüktür. 4. Üreme: Prokaryotlar eşeysiz olarak ikili fisyon yoluyla çoğalırken, protistler hem eşeyli hem de eşeysiz üreme yöntemleri sergiler. 5. Çeşitlilik: Protistler, daha geniş bir biçim ve işlev çeşitliliği gösterir.