Özel program ve proje okulları, aşağıdaki kriterlere göre belirlenir: 1. Fizikî alt yapı, donanım ve insan kaynağı: Uygulanacak projelerin niteliğine uygun olmalıdır. 2. Başarı ortalaması: Merkezi sınavlarda kendi türünde başarı ortalamasına göre il genelinde ilk beş dereceye sahip olmalıdır. 3. Gelişim planı: Dezavantajları veya başka nedenlerle beklenen gelişimi sergileyemeyen okullar arasından, kapsamlı bir gelişim planı hayata geçirmek üzere seçilmiş olmalıdır. 4. Protokoller: Kamu kurum/kuruluşları, organize sanayi bölgesi, serbest ticaret bölgesi, sivil toplum kuruluşları ile protokol yapmış olmalıdır. 5. Akreditasyon: Bakanlığın kabul ettiği uluslararası yetkili kurum ve kuruluşlarca akredite edilmiş olmalıdır. Başvurular, elektronik başvuru formu ile alınır ve il millî eğitim müdürlüğü ile proje belirleme komisyonunun değerlendirmesinin ardından, Bakan onayı ile proje okulu olarak belirlenir.