Embriyogenez ve organogenez arasındaki temel fark, embriyogenezin bir zigottan embriyonun oluşumunu, organogenezin ise bu embriyonun içindeki üç germ tabakasından (ektoderm, endoderm ve mezoderm) organların gelişimini ifade etmesidir. Embriyogenez: Segmentasyon, gastrulasyon ve farklılaşma evrelerini içerir. Embriyonun genel yapısını oluşturur. Organogenez: Ektoderm, endoderm ve mezoderm tabakalarının doku ve organlara dönüşmesini sağlar. Gebeliğin ilk üç ayında gerçekleşir.