Bir bileşiğin molekül yapılı olup olmadığını anlamak için aşağıdaki yöntemler kullanılabilir: Moleküler formül: Bileşiğin moleküler formülü, molekül içindeki atomların türünü ve sayısını belirler. Molekül geometrisi: Molekülün üç boyutlu yapısı ve atomların uzaydaki düzeni, moleküler yapıyı belirlemede önemli bir rol oynar. Kovalent bağlar: Moleküler yapılar genellikle kovalent bağlarla oluşur. Spektral analiz yöntemleri: NMR spektroskopisi, FTIR ve UV-Vis spektroskopisi gibi yöntemlerle molekülün atomik yapısı ve bağları daha ayrıntılı bir şekilde incelenebilir. Kristal yapısı: X-ışını kristalografisi, atomların üç boyutlu düzenini belirleyerek molekülün tam yapısını ortaya koyar. Ayrıca, molekül yapılı bileşikler çoğunlukla sadece ametallerden oluşur.