Mikroskobik görüntüler aşağıdaki adımlarla kaydedilir: 1. Ekipman seçimi: Mikroskopla birlikte bir fotoğraf çekme ünitesi kullanılır. 2. Örnek hazırlığı: İncelenecek örnek, mikroskopta incelenebilecek hale getirilir; bu, kesit alma, boyama ve lamel kapatma işlemlerini içerir. 3. Mikroskop ayarları: Mikroskop çalıştırılır, ışık açılır ve büyütme gücü en düşük olan objektifle (4X) görüntü bulunmaya çalışılır. 4. Görüntü kaydı: Net bir görüntü elde edildiğinde, objektif değiştirilerek (10X, 40X) ve mikro vida kullanılarak netlik sağlanır. 5. Dijital kayıt: Günümüzde, mikroskopların bazı modelleri doğrudan dijital ortama kayıt yapabilir. Ayrıca, Smart Microscope, GoCamera ve Virtual Microscope gibi uygulamalar ve programlar da mikroskobik görüntülerin kaydedilmesinde kullanılabilir.