Hücre Dışı Matriks (HDM), kök hücre farklılaşmasında önemli bir rol oynar. HDM'nin kök hücre farklılaşmasındaki bazı etkileri: Hücre polaritesini koruma: HDM, kök hücrelerin polaritesini korumasına yardımcı olur. Mitotik iğin yönlendirilmesi: Hücre bölünmesi sırasında mitotik iğin doğru yönlendirilmesini sağlar. Asimetrik hücre bölünmesi: Asimetrik hücre bölünmesine olanak tanır, bu da kök hücrenin kendini yenilemesi ve farklılaşması için kritik öneme sahiptir. Sinyal moleküllerinin üretimi: Kök hücrelerin, kök hücre özelliklerini korumasını sağlayan parakrin sinyal moleküllerini üreten niş hücrelerle doğrudan temasını mümkün kılar. Farklılaşmayı düzenleme: HDM'nin bazı bileşenleri, nöral kök hücre biyolojisi için gerekli olan sinyalleri modüle edebilir. Ayrıca, HDM'nin biyomekanik özellikleri de kök hücre farklılaşmasını etkiler; örneğin, beyin benzeri elastikiyete sahip jellerde büyüyen kök hücreler nöronal özellikler sergilerken, daha sert jellerde büyüyen kök hücreler kas veya kemik proteinlerini ifade eder.