Lagünler, genellikle şu iki şekilde oluşur: 1. Akarsu birikimi: Bir akarsuyun taşıyarak getirdiği moloz, kum ve çakılları kıyıya yığmasıyla meydana gelir. 2. Deniz birikimi: Denizin dalgalar ile sürükleyerek getirdiği moloz, kum ve çakılları bir körfez ya da koya yığmasıyla oluşur. Lagünler, ayrıca mercan resifleri, bariyer resifleri, kum barları veya doğal bariyerlerle büyük su kütlelerinden ayrılır. Lagünler, kıyı lagünleri ve atol lagünleri olmak üzere iki gruba ayrılır.