Kontrol çaprazlaması, fenotipi bilinen, ancak genotipi bilinmeyen bir bireyin genotipini belirlemek amacıyla yapılır. Örnek: Bezelyelerde yuvarlak tohumlu olma baskın, buruşuk tohumlu olma ise çekiniktir: 1. Yuvarlak tohumlu bezelyeler ile buruşuk tohumlu bezelyeler çaprazlanır. 2. Eğer çaprazlama sonucu oluşan tüm döller yuvarlak tohumlu ise, yuvarlak tohumlu atanın homozigot (YY) olduğu anlaşılır. 3. Eğer döllerin yarısı buruşuk, yarısı yuvarlak tohumlu olursa, yuvarlak tohumlu atanın heterozigot (Yy) olduğu belirlenir.