Kontrol çaprazlaması ve geri çaprazlama arasındaki temel farklar şunlardır: 1. Kontrol Çaprazlaması: Baskın görünüşlü bir bireyin homozigot ya da heterozigot olduğunu belirlemek için, bu bireyin çekinik görünüşlü bir bireyle çaprazlanmasıdır. 2. Geri Çaprazlama: F1 hibrit neslinin, baskın veya çekinik ebeveynden herhangi biriyle çaprazlanmasıdır. Özetle, kontrol çaprazlaması bir bireyin genotipini belirlemeye yönelikken, geri çaprazlama hibrit popülasyonların ebeveyn popülasyonun önemli karakterlerini geri kazanmasına yardımcı olur.