Kınık Höyük, farklı dönemlerde çeşitli uygarlıklara ev sahipliği yapmıştır. Orta Kalkolitik Çağ: Bu dönemde Kınık Höyük'te yerleşim olduğu, Beycesultan'ın 1. ve 2. evrelerine ait çanak çömlek parçalarının bulunmasıyla belirlenmiştir. Orta Bronz Çağı: Kazılarda, bu döneme ait sur kalıntıları ve yerleşim yerleri bulunmuştur. Demir Çağı: Kınık Höyük, Demir Çağ'da önemli bir idari yönetim merkezi olarak kullanılmıştır. Helenistik ve Pers Dönemleri: Bu dönemlerde de höyükte yerleşim olduğu, tapınak kalıntılarının bulunmasıyla ortaya çıkmıştır. Kınık Höyük'ün tam olarak hangi uygarlığa ait olduğunu belirlemek için daha fazla araştırmaya ihtiyaç vardır.