Doğal sınıflandırma yapılırken dikkat edilen başlıca faktörler şunlardır: 1. İç Yapı ve Organ Sistemleri: Canlıların iç yapıları, organ sistemleri ve hücre yapıları göz önünde bulundurulur. 2. Biyokimyasal Özellikler: Enzimler, proteinler ve genetik yapı gibi biyokimyasal özellikler dikkate alınır. 3. Üreme Biçimi: Canlıların üreme şekilleri ve yöntemleri önemli bir kriterdir. 4. Homolog Organlar: Kökenleri aynı, görevleri farklı veya aynı olan homolog organların benzerliği temel alınır. 5. Akrabalık Dereceleri: Canlıların evrimsel ilişkileri ve akrabalık dereceleri belirlenir. 6. Embriyonik Gelişim: Embriyonik gelişim süreçleri ve anatomik yapılar da sınıflandırmada kullanılır. Bu faktörler, canlıların daha doğru ve anlamlı bir şekilde gruplandırılmasını sağlar.