Karpuzun kırmızı olmasının sebebi, içerdiği likopen adı verilen bir pigmenttir 15.

Likopen, kırmızı renge sahip bir karotenoid pigmenttir ve karpuzda bulunan bir tür antioksidandır 5. Karpuzun olgunlaşma sürecinde meydana gelen kimyasal reaksiyonlar likopenin oluşmasına ve meyvenin kırmızı renk almasına neden olur 5.

Geleneksel karpuzlar, pembemsi-kırmızı renklerini domatesleri kırmızı yapan aynı güçlü antioksidan olan likopenden alırken, likopen içermeyen karpuz çeşitleri de sarı renktedir 12. Sarı karpuzun ve kırmızı karpuzun dış görünümü aynıdır 2. Bu nedenle, onları kesene kadar farklarını söylemek mümkün değildir 2.