Karboksil ve hidroksil arasındaki fark, bulundukları bileşikler ve fonksiyonel özellikleri ile ilgilidir. Karboksil Grubu (-COOH): Karboksilli asitlerde bulunur. Asidik özellikler gösterir ve zayıf asit olarak sınıflandırılır. Polar bir gruptur ve moleküller arasında hidrojen bağı oluşturabilir (dimerleşme). Hidroksil Grubu (-OH): Alkollerde bulunur. Bir karbon atomuna yalnızca bir hidroksil grubu bağlandığında alkol olarak adlandırılır. Molekülde bulunan hidroksil grubu sayısına göre monoalkol veya polialkol olarak sınıflandırılır. Özetle, karboksil grubu asidik ve polar özellikler gösterirken, hidroksil grubu alkollerin yapısında yer alır ve moleküldeki hidroksil sayısına göre sınıflandırılır.