Karahöyük'te tarih boyunca farklı dönemlerde çeşitli halklar yaşamıştır: 1. Hitit Dönemi: Karahöyük, Hitit Devleti'nin yıkılmasından sonra M.Ö. 2000'nin son yüzyılından M.Ö. 700 yüzyılına kadar Geç Hitit Prenslikleri adı altında yerleşim yeri olmuştur. 2. Asur Kolonileri Dönemi: Karahöyük, Asur ile Anadolu arasında kurulan ticaret ağı içinde önemli bir istasyon olmuş ve bu dönemde Asurlular burada ticaret yapmışlardır. 3. Luwiler ve Hattiler: Karahöyük kazılarında bulunan mühürler ve toprak kaplar, ilk yerli halkın Luwiler olduğunu, daha sonra Hattiler (ön Hititler) tarafından yerleşimin devam ettiğini göstermektedir. 4. Frigler ve Urartular: Karahöyük çevresinde Friğler (Gordion) ve Urartu Krallığı (Tuşpa-Van) gibi büyük krallıkların da etkili olduğu bilinmektedir.