Doktora kontenjanlarının belirlenmesi aşağıdaki adımlara göre gerçekleşir: 1. Anabilim Dalı Başkanlığı Önerisi: Kontenjanlar, Anabilim Dalı Başkanlıklarının danışmanlık yapabilecek öğretim üyelerinin taleplerini gözeterek hazırladıkları önerilere bağlı olarak Enstitü Yönetim Kurulunda değerlendirilir. 2. Senato Onayı: Kontenjan teklifleri, Üniversite Senatosuna sunulur ve burada onaylanır. 3. Koşullar: Kontenjan tekliflerinde, Yükseköğretim Genel Kurulunca belirlenen ilkeler dikkate alınır; bu ilkeler arasında en az dört yarıyıl lisans veya iki yarıyıl tezli yüksek lisans dersi vermiş olma şartı bulunur. 4. Üst Sınır: Bir öğretim üyesinin danışmanlıkla üstlenebileceği tez danışmanlığı üst sınırı, Senato kararıyla 14 olarak belirlenmiştir. Ayrıca, her iki kontenjan türü için yatay geçiş kontenjanı da ayrılabilir.