Juan-Juanların yıkılışının başlıca sebepleri şunlardır: 1. İç Kavgalar: Juan-Juan Devleti'nde 520 yılında tahta geçen Anaguey döneminde iç çatışmalar yaşanmaya başlandı. 2. Kök Türkler ve Kuzey Ts’i Devletlerinin Saldırıları: Özellikle Göktürkler'in yükselişi ve Bumın Kağan'ın önderliğinde başlatılan savaşlar, Juan-Juan Devleti'ne büyük baskı yaptı. 3. Doğal Afetler: 523 yılında yaşanan tabii felaketler de devletin zayıflamasına katkıda bulundu. Bu faktörlerin birleşimi, Juan-Juan Devleti'nin 552 yılında tamamen yıkılmasına yol açtı.