İskenderiye Kütüphanesi'nin yakılmasının üç farklı nedeni olduğu öne sürülmektedir: 1. Hristiyanlar tarafından yok edilmesi: 391 yılında Bizans'ın Mısır Valisi Theophilos, kütüphanenin bulunduğu arsada kilise inşa ettirdi. 2. Jül Sezar'ın kuşatması: M.Ö. 48'de Sezar'ın İskenderiye'yi kuşatması sırasında çıkan yangında kütüphanenin bir kısmının zarar gördüğü düşünülmektedir. 3. Hz. Ömer'in emriyle yakılması: Bazı kaynaklarda, ikinci İslam Halifesi Hz. Ömer'in, Mısır'ı fetheden komutanı Amr bin el-Âs'a kütüphaneyi yaktırdığı iddia edilmektedir.