İskenderiye Kütüphanesi, 391 yılında İskenderiye'de çıkan bir dini ayaklanma sırasında yakılmıştır. Olay şu şekilde gelişmiştir: Bizans’ın Mısır Valisi Theophilos, Osiris tapınağının olduğu bir arsayı kilise inşa edilmesi için Hristiyanlara vermiştir. Temel kazıları sırasında üzerinde eski dine ait yazılar bulunan bir taş ortaya çıkmıştır. Hristiyanlar bunu alay konusu yapmış, bu da putperestleri kızdırmıştır. İki taraf arasında çatışmalar başlamış, paganlar katledilmiştir. Çatışmaların ortasında kalan İskenderiye Kütüphanesi'nin bulunduğu bölge yerle bir edilmiştir. İmparator I. Theodosius, kütüphanenin eski putperestlik kültürünü devam ettiren kitaplarının ayaklanmanın nedeni olduğunu düşününce, kitapların tamamının yok edilmesini emretmiştir. Kütüphanedeki eserler şehrin hamamlarında yaktırılmıştır.
