III. Selim, Nizam-ı Cedid ordusunun kaldırılması ve kendisinin tahttan çekilmesi için düzenlenen Kabakçı Mustafa İsyanı nedeniyle 29 Mayıs 1807'de tahttan indirilmiştir. İsyanın bazı nedenleri: Yeniçerilerin, kendi güçlerinin zayıfladığını düşünmeleri; Ulemanın, Batı tarzı uygulamaları geleneklere aykırı bulması; Halkın, yeni vergilerden rahatsız olması. III. Selim, tahttan indirildikten sonra Topkapı Sarayı’nda göz hapsine alınmış, bir yıl sonra Alemdar Mustafa Paşa’nın desteğiyle yeniden tahta çıkarılması planlanmış ancak bu girişim sonuçsuz kalmıştır.