Hücre içi sindirim, hücrelerin besin maddelerini parçalayarak enerji üretme ve atık ürünleri ortadan kaldırma sürecidir. Bu süreç, üç ana mekanizma üzerinden gerçekleşir: 1. Fagositoz: Hücrelerin büyük parçaları veya mikroorganizmaları yutarak sindirimi. 2. Pinositoz: Hücrelerin sıvı içindeki besin maddelerini alması. 3. Otofaji: Hücrenin kendi iç yapılarının, özellikle hasar görmüş veya işlevini yitirmiş organellerin parçalanması ve geri dönüştürülmesi. Hücre içi sindirim, özellikle tek hücreli organizmalar ve bazı çok hücreli organizmaların hayatta kalması için hayati öneme sahiptir.