Boğaziçi Üniversitesi, özerk, özgürlükçü, demokratik ve katılımcı bir üniversite yönetişim modeli uygulamaktadır. Üniversite, ademimerkeziyetçi bir kurum kültürünü koruyarak, üniversite genelinde bütünselliği ve bağdaşıklığı sağlayacak yapılar oluşturmuştur. Boğaziçi Üniversitesi'nin yönetim stratejisi, tüm iş süreçlerinin iyileştirilmesi, süreç yönetiminin kurumsallaştırılması, akademik ve idari kadronun görüş ve değerlendirmelerinden yararlanarak motivasyon ve bağlılıklarını sürekli kılmak olarak özetlenebilir.