Endoplazmik retikulum (ER) ve Golgi aygıtı arasındaki temel farklar şunlardır: 1. Yapı: Golgi aygıtı, sıvı dolu disklerin bir düzenlemesi olup, zarla kaplanmıştır. 2. İlişki: Golgi aygıtı, çekirdekle doğrudan ilişkili değildir, oysa ER'nin bazı kısımları nükleer zarfla süreklidir. 3. İşlev: Golgi aygıtı, proteinlerin paketlenmesi, işlenmesi ve sıralanmasından sorumludur. 4. Üretim: Lizozomlar Golgi kompleksinde oluşurken, lizozomal hidrolazlar RER'de sentezlenir.