Göbeklitepe, yaklaşık 3 bin yıl boyunca kullanıldıktan sonra, bilinmeyen bir nedenle terk edildi. Terk edilmeden önce, tapınaklar ve yapılar bilinçli şekilde gömüldü. Bazı teoriler, tapınakların terk edilme nedenini, yaşam biçiminde bir değişime giden son avcı toplulukların, eski kimliklerini ve inanışlarını tahrip etmeden kapatmalarına bağlamaktadır. Bir diğer teori ise tapınakların, düzenlenen seremonilerin sıvı içermesi nedeniyle tabanlarının sıvı geçirmez olarak inşa edilmiş olması ve bu nedenle tapınakların ıslanarak zarar görmüş olabileceğidir. Göbeklitepe'nin terk edilme nedeni hakkında kesin bir bilgi bulunmamaktadır.