Ganymede'nin bu kadar büyük olmasının sebebi, yapısının büyük oranda buzdan oluşmasıdır. Ganymede, kabaca eşit miktarlarda silikat kaya ve su buzundan oluşur. Ayrıca, Ganymede'nin Merkür'den daha büyük olmasına rağmen oldukça hafif olmasının nedeni de budur. Ganymede'nin büyüklüğünün bir diğer sebebi ise, yer altı okyanuslarına sahip olabileceği ihtimalidir.