Fatih Sultan Mehmet Vakıf Üniversitesi'nin sahibi, T.C. Başbakanlık Vakıflar Genel Müdürlüğü'ne bağlı olarak faaliyet gösteren beş kurucu vakıftır: 1. Fatih Sultan Mehmet Han Vakfı; 2. Sinan Ağa bin Abdurrahman Vakfı; 3. Nurbanu Valide Sultan Vakfı; 4. Hatice Sultan Vakfı; 5. Abdullahoğlu Hacı Abdülaziz Ağa Vakfı.