Fatih Sultan Mehmet Vakıf Üniversitesi'nin sahibi, T.C. Başbakanlık Vakıflar Genel Müdürlüğü'ne bağlı olarak faaliyet gösteren beş kurucu vakıftır :
- Fatih Sultan Mehmet Han Vakfı ;
- Sinan Ağa bin Abdurrahman Vakfı ;
- Nurbanu Valide Sultan Vakfı ;
- Hatice Sultan Vakfı ;
- Abdullahoğlu Hacı Abdülaziz Ağa Vakfı .