Amasya Genelgesi'nin Erzurum ve Sivas Kongreleri üzerindeki etkisi şu şekilde özetlenebilir: 1. Milli Mücadelenin Esasları: Amasya Genelgesi ile milli mücadelenin esasları yazılı bir metin haline getirilmiş ve milli haklara sahip çıkacak kongrelerin toplanması istenmiştir. 2. Milletin Egemenliği: Genelgede geçen "Milletin egemenliğini yine milletin azim ve kararı kurtaracaktır" ilkesi, hem Erzurum Kongresi'nde alınan kararlarla pekiştirilmiş hem de Sivas Kongresi'nde onaylanmıştır. 3. Teşkilatlanma: Amasya Genelgesi, milli güçleri birleştirmek ve milli harekâtı idare edebilecek bir teşkilatı kurmak amacıyla Erzurum Kongresi'nin toplanmasına vesile olmuştur.